После школы Эмили Уотсон решила изучать английскую литературу, продолжая дело матери – профессора английского языка. Однако ближе к концу обучения она поняла, что профессия скучна, и поступила в студию драматического искусства в Лондоне, куда была принята с третьей попытки. Во время учёбы подрабатывала официанткой и клерком, а актёрское мастерство давалось ей легко. После выпуска вошла в состав Королевского Шекспировского театра.
Карьера Эмили Уотсон стала быстро развиваться после ухода из театра и дебюта в кино, когда в СМИ появились её откровенные фотографии. Её роли отличает доброта и мягкость, что сочетается с наивной внешностью и фигурой актрисы.